A Habsburg-Lotharingiai ház tescheni ágából származott. A legtöbb Habsburg fiúgyermekhez hasonlóan katonai pályára adták. 1881-ben végzett főhadnagyi ranggal. Már 1885-ben a vezérkarhoz rendelték, miután elvégezte a bécsújhelyi Theresianum Katonai Akadémiát. 1890-től ezredes, 1891-től a 15. huszárezred parancsnoka. Később is gyorsan haladt előre a ranglétrán és kapott rangjának megfelelő parancsnoki beosztásokat. 1900-ban 37 évesen lovassági tábornok lett és a XIV. hadtest parancsnoka. Ez a hadtest volt felelős Tirol védelméért. Később a Nagy Háborúban is ennek a frontszakasznak a védelmét irányította.
Neve leginkább a Német Lovagrenddel kapcsolódik össze, mivel ő volt a rend utolsó (58.) világi nagymestere. 1887-ben lépett be a rendbe és 1894-ben avatták nagymesterré. 1923-ig viselte ezt a tisztséget. A nagymesteri címmel együtt ő lett a bécsi 4. számú „Hoch- und Deutschmeister” gyalogezred tulajdonosa is. 1915 májusától az akkor megnyílt dél-nyugati (olasz) front parancsnoka lett. 1916 márciusától ezt a frontszakaszt hivatalosan is Jenő főherceg hadseregcsoportnak nevezték el. A hadseregcsoport ismert, szép sapkajelvénye a területet védelmező középkori lovag alakjával a főherceg rendi kötődéséhez is kapcsolható.
Jenő főherceg portréjával több más jelvény is készült. Ilyen például a dél-nyugati front egyik jelvénye, ahol a főherceg főparancsnok kisméretű portréja látható a jelvény felső részén.
Az ő portréképe díszíti a „Pusterthal 1916” feliratozású jelvényt is. Ez a jelvény a dél-nyugati front középső, Karintia tartományra eső részére utal. A határt képező magashegység mögött fekszik a Puster völgy, amiről a jelvényt elnevezték. Ehhez a jelvényképhez hasonló a Jenő főherceget ábrázoló jelvény is, amely a nyitóképen látható. Ugyanaz a portré található rajta. A portré alatt pedig a Német Lovagrend keresztje a fő díszítő elem.
Jenő főherceg 1917 december 18-ig látta el parancsnoki feladatait. Ekkor Károly császár és király visszahívta, sőt el is bocsátotta az aktív katonai szolgálatból. Egyes vélemények szerint erre azért került sor, mert rend szerint hadsereg főparancsnoknak kellett volna kineveznie, de ezt a posztot az ifjú császár és király magának tartotta fenn. A Nagy Háború után Svájcba emigrált. Lemondott nagymesteri pozíciójáról is. 1934-ben visszaköltözött Ausztriába. Az 1938-as Anschluss után is Bécs környékén maradhatott, őt nem zaklatták. 1945-ben a Bécset elfoglaló szovjetek elől Tirolba menekült. Ott élt 1955-ben bekövetkezett haláláig.